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Il File System è il sistema che un sistema operativo utilizza per archiviare ed organizzare i dati nella memoria di massa: hard disk, CD, DVD, Blue Ray disk, flash drive (sono le "pennette USB"). Ogni volta che un computer va a scrivere o leggere dati, utilizza il file system per accedere ai dati.
Windows supporta varie tipologie di file system, a partire dalla originaria FAT (File Allocation Table), prima FAT16 poi FAT32. Col passare del tempo si ebbe la necessità di salvare file più grandi, ai quali potevano accedere utenti diversi con differenti permessi, così venne introdotto NTFS (New Technology File System).
In tutti i sistemi operativi moderni è stata introdotta la exFAT (nota anche come FAT64), disegnata appositamente per le memorie flash e le schede SD.
Nella figura è mostrata la struttura gerarchica dei file che il file system mostra all'utente.
